24 декабря 2000 года митрополит Курский и Рыльский Ювеналий, откликнувшись на инициативу верующих курян, благословил создание православного прихода в честь великомученика Пантелеимона в густонаселённом микрорайоне КЗТЗ г. Курска. Незадолго до этого курские паломники привезли из Греции, со Святой горы Афон, из Русского Свято-Пантелеимонова монастыря подаренную архимандритом Иеремией, настоятелем этой древней обители, икону святого Пантелеимона, написанную монахами монастыря, с вложенной в образ частицей мощей святого. Новообразованный приход не имел собственного храма, и богослужения, как и вся приходская деятельность, проходили в здании Центра областных молодежных программ, где приходу было выделено помещение на правах аренды.

В 2005 году, в 1700-летнюю годовщину причисления к лику святых великомученика и целителя Пантелеимона, глава города Курска Виктор Суржиков подписал постановление о выделении земельного участка площадью 0,5 га у кромки соснового леса, недалеко от площади Комарова, под строительство храмового комплекса, который должен был включить помимо здания церкви помещение для воскресной школы, а также другие церковные сооружения. Необходимая сумма на начало строительных работ была собрана жителями микрорайона. 14 июля 2007 года архиепископ Курский и Рыльский Герман освятил закладной камень в основание будущего храма. За три года было возведено здание храма и выполнены все отделочные работы. Храм был освящён 10 апреля 2011 года архиепископом Германом.